El Diario recoge las anotaciones comprendidas entre el 1 de enero de 1660, cuando Samuel Pepys lo inició siendo un modesto oficinista, hasta el 31 de mayo de 1669, cuando lo tuvo que dejar, convertido en un muy respetado y opulento alto cargo de la Armada con aspiraciones de convertirse en parlamentario. En el período reseñado, y gracias a su posición profesional y a ser vecino de Londres, pudo observar movimientos políticos tan importantes en la historia de Inglaterra como la Restauración monárquica de Carlos II; fenómenos sociales y culturales como la fundación de la Royal Society, la reapertura de los teatros tras la época puritana, incidentes militares como la segunda de las guerras con Holanda (1665- 1667) y célebres catástrofes públicas como la gran plaga (1665) y el incendio de Londres (1666).