Shuriken School es una escuela multicultural, divertida y disparatada, en la que los alumnos se preparan para convertirse en ninjas. Shuriken School narra las aventuras de Eizan Kaburagi, un niño de 10 años que quiere ser ninja e ingresa en la escuela de ninjas más cercana a su casa: la escuela Shuriken. Allí conoce a Jimmy, un niño americano, y a Okuni, una niña que quiere demostrar que las mujeres también pueden ser buenos ninjas. Junto a otros compañeros de clase (un luchador de sumo, un submarinista, un monje tibetano o un cerdo), Eizan y sus amigos tendrán que superar todas las pruebas y exámenes de la Shuriken School al tiempo que se enfrentan a Katana, la otra escuela de ninjas de la ciudad de Tokirohama.