El antídoto para el veneno APTX 4869 que preparó Haibara no es definitivo y Shinichi volvió a ser Conan tras resolver el caso del asesinato en el edificio Beika, dándole un nuevo plantón a Ran. Sin embargo, ninguno de ellos tiene tiempo de lamentarse porque una nueva clienta acude a la agencia Mouri a contratar los servicios de Kogoro.
La joven Haruna quiere encontrar a un amigo al que sólo conoce a través de los mensajes que se enviaban al busca. Su amigo le dejó una cajita de música para ayudarla a costear sus estudios y ahora ella quiere devolvérsela. Cuando llegan a la casa de Shugo, el amigo misterioso, descubren que murió tiempo atrás, pero tras su defunción dejó un nuevo misterio a resolver: el paradero de unos valiosísimos sellos.
Conan y sus amigos tratarán de encontrarlos para acabar con los fantasmas que parecen poblar la casa y para que Haruna pueda seguir su vida en paz.